Các nhà chức trách ATC ở Đảo Ascension đã cố gắng liên lạc với các nhà chức trách hàng không ở Namibiaư năm mươi lần khi chiếc C-141B không đến như dự kiến. Vào lúc 10:55 UTC ngày hôm sau, ATC của Ascension đã liên lạc với Bộ chỉ huy Cơ động Hàng không và thông báo cho họ về chiếc máy bay quá hạn. Lúc 11:00 UTC, chiếc máy bay được tuyên bố là mất tích. Một nỗ lực tìm kiếm quốc tế của Hoa Kỳ, Pháp, Anh, Đức và một số quốc gia châu Phi đã diễn ra sau đó, lùng sục các vùng biển ngoài khơi Namibia để tìm bất kỳ dấu hiệu nào của mảnh vỡ. Một chiếc máy bay của Pháp đang bay qua địa điểm rõ ràng là vụ tai nạn đã nhận được một tín hiệu mờ nhạt từ một trong những đèn hiệu khẩn cấp của máy bay.[13] Lực lượng Không quân Nam Phi cho biết họ đã nhận được tín hiệu từ đèn hiệu cấp cứu áo phao, làm dấy lên hy vọng tìm thấy những người sống sót. Một vụ va chạm giữa không trung được cho là kịch bản có khả năng xảy ra cao nhất vì cả hai máy bay đều mất tích cùng lúc ở cùng một địa điểm.[14] Những mảnh vỡ đầu tiên được một tàu tìm kiếm tìm thấy vào ngày 16 tháng 9.[15] Sáu ngày sau vụ tai nạn, nhà chức trách thông báo họ đã tìm thấy thi thể của nữ tiếp viên hàng không 43 tuổi người Đức Saskia Neumeyer, đây là thi thể đầu tiên được tìm thấy.[16]

Đến tháng 12 năm 1997, rất ít tàn dư của vụ tai nạn đã được phát hiện. Thi thể của Saskia Neumeyer là người duy nhất trong số 33 hành khách và phi hành đoàn mất tích được tìm thấy và rất ít mảnh vỡ được tìm thấy. Một tàu đánh cá đã phát hiện ra nhiều mảnh quần áo vào ngày 13 tháng 12 từ độ sâu 655 mét.[17] Thi thể của Cơ trưởng Peter Vallejo và Cơ trưởng Jason Ramsey đã được các thợ lặn tìm thấy sau đó vào tháng 12 năm 1997 cùng với những bộ xương không thể xác định được của các thành viên phi hành đoàn khác. Họ được chôn cất vào ngày 2 tháng 4 năm 1998 tại Nghĩa trang quốc gia Arlington.